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通常ChIP過程產(chǎn)生3份DNA產(chǎn)物，Input、IgG產(chǎn)物、IP產(chǎn)物。Input是染色質(zhì)片段化后提取獲得的總DNA、未經(jīng)抗體加入免疫沉淀過程，IgG組這是用實驗抗體的同型陰性對照抗體、作為mock IP，IP產(chǎn)物即是以實驗抗體獲得的免疫沉淀產(chǎn)物。

在后續(xù)的qPCR檢測中，通常將IgG產(chǎn)物組作為IP產(chǎn)物組的對照。如需設置陽性對照抗體，可以選擇Histone H3或者RNA polymerase II，然后以GAPDH或Actin等作為檢測基因。

在后續(xù)的Sequence中，通常將Input組產(chǎn)物作為測序?qū)φ諛悠贰?/span>